Obecne Muzeum powstało w 1960 roku dzięki inicjatywie osób skupionych wokół Polskiego Towarzystwa Turystyczno - Krajoznawczego. Pierwszą jego siedzibą była Brama Pyrzycka, w której ze względu na niewielką powierzchnię ekspozycyjną czynne były jedynie dwie ekspozycje stałe : wystawa historyczna obrazująca dzieje Stargardu i Ziemi Stargardzkiej oraz wystawa militariów.
W lipcu 1966 roku zbiory i wystawy przeniesiono do nowej siedziby przy Rynku Staromiejskim. Od tej pory Muzeum mieściło się w Odwachu i sąsiadującej z nim kamienicy. W latach 80 - tych odrestaurowano z przeznaczeniem na cele muzealne Basteję, będącą elementem średniowiecznych obwarowań miejskich. W 1997 roku Muzeum otrzymało kolejną kamienicę przy Rynku Staromiejskim. Od tej pory funkcjonuje ono w Odwachu i dwóch kamienicach.
Na Muzeum Historyczne Miasta Gdańska składają się Ratusz Głównego Miasta, Dom Uphagena, Dwór Artusa, Muzeum Bursztynu, Muzeum Zegarów Wieżowych, Muzeum Poczty Polskiej, Twierdza Wisłoujście, Wartownia nr 1 na Westerplatte. Pozycja obowiązkowa nie tylko dla osób interesujących się historią Gdańska i miast hanzeatyckich.